Corinthians

Malcom bắt đầu sự nghiệp ở đội trẻ Corinthians, và được gọi lên đội một vào năm 2014 bởi huấn luyện viên Mano Menezes. Anh ra sân thường xuyên trong đội hình chính ở mùa giải 2015. Tại Corithians, Malcom có 73 trận đấu và 10 bàn thắng.

Bordeaux

Vào ngày 31 tháng năm 2016, Bordeaux thông báo rằng Malcom chính thức trở thành người của cậu lạc bộ với mức phí không được tiết lộ.[6][7] Anh nhanh chóng lấy được cảm tình của người hâm mộ đội bóng bằng màn trình diễn ấn tượng.[8] Malcom có 3 mùa bóng chơi cho Bordeaux, ra sân 96 lần và có 23 bàn thắng.[9]

Barcelona

Dù được cho rằng đã trở thành cầu thủ của Roma, ngày 24 tháng 7 năm 2018, Malcom ký vào bản hợp đồng trị giá 41 triệu Euro có thời hạn 5 năm với Barcelona (cùng 1 triệu Euro tiền thưởng). [10]

Zenit

Ngày 2 tháng 8 năm 2019, Malcom gia nhập Zenit Saint Petersburg theo bản hợp đồng có thời hạn 5 năm trị giá 40 triệu euro, cộng thêm 5 triệu euro biến phí.[11]